包括液质联用仪在内的多种仪器设备，都需要对色谱柱系统进行正确的使用和维护，否则很容易出现降低柱效、缩短使用寿命甚至损坏的情况。而色谱柱在操作过程中，需要注意的问题主要如下：
①为确保混合物中组分的有序分离，应选用合适的色谱柱，而使用新柱前要在液相色谱仪上进行性能测试，并且在以后的使用中，应时常对色谱柱进行测试；
②色谱柱在使用过程中，不能碰撞、弯曲或强烈震，需要避免压力和温度的急剧变化，也应在调节流速时缓慢进行，以免柱压突然升高或降低；
③样品前处理对于柱子使用寿命影响甚大，故而进样样品需要提纯过滤并且严格控制进样量，而当柱子和色谱仪联结时，需要清洗干净阀件或管路；
④应注意色谱柱的PH值使用范围，在每天分析工作结束后，要用适当的溶剂来清洗柱子，且若分析柱长期不使用，应用适当有机溶剂保存并将其封闭。
液质联用仪因具有质谱强大的鉴别能力，而在分析检测领域有着重要的作用，故而对质谱进行维护意义重大。
质谱部分的维护一般包括有：每天冲洗样品通路、清洁喷雾式；每周检查粗真空泵油的液面；更换粗真空泵油，检查软管、软线和电缆；根据试验需要清洁机壳、更换喷雾针、清洁或更换整个毛细管、分离器及透镜；每天冲洗系统和清洁喷雾室；每6个月更换机械泵油，需要时更换电子倍增器。
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